孙中山卧病之际，奉系的张作霖却在思考着如何解决长江问题，直系的主要力量不外乎曹锟、吴佩孚和长江三督，如今击败了曹锟和吴佩孚，自然就要对长江三督下手，免留后患。7日，张作霖召集卢永祥、吴光新及奉军将领在天津开会，卢永祥和吴光新都在江浙战争期间吃了长江三督的亏，与长江三督结着宿怨，张作霖不愿让嫡系部队跋涉千里南下征战，而皖系此时再度登台又迫切需要地盘，张作霖自然乐意卖这个人情。经过商讨，天津会议最终商定请段祺瑞执政下令免除齐燮元的职务，如果齐燮元反抗，则调拨六万奉军南下征讨。段祺瑞遂于11日发布命令免去齐燮元江苏督军一职，以江苏省长韩国钧暂兼督办江苏军务善后事宜，又特派卢永祥为苏皖宣抚使，由李景林暂署直隶督办，另调热河都统米振标入京供职，由阚朝玺署理热河。
时人都知道孙中山是手创民国的伟人，因此对他都寄予厚望，而孙中山抵达天津后不久，即与段祺瑞产生了分歧。孙中山主张国家至上、民族至上，要求废除不平等条约，而段祺瑞则愿意尊重列强的既得利益以换取列强对中国新政府的承认，并在执政府成立后三个月内召集善后会议，三个月内召集国民代表会议，二人终因政见不合而关系紧张。18日，孙中山的肝病加重，于是进京调养。其时孙中山虽然重病在身，但北京民众获悉后依然为之一振，三十余万人到前门车站迎接孙中山一行，北京政府全体阁员、各大专学校校长、各团体代表、各机关首长亦亲抵车站。