朱厚照要到南方去游玩，朝臣纷纷谏阻，厚照大怒，令夏良胜等一百七人罚跪午门外五天，又一批朝臣继起谏阻，厚照更怒，捕朝臣下诏狱，白天牵出跪午门，晚间牵入囚狱。罚跪期满，一百七人各杖三十，六人各杖五十，三十人各杖四十，一人杖八十，不少人因此丧命。厚照不久到南方去了。这就是著名的谏南巡事件。
朱厚照死，从弟朱厚熜继位。厚熜要尊本生父祐杭为皇考（父），朝官们主张尊祐杭为皇叔父，群跪左顺门外哭争。双方相持，大闹不休。厚熜怒，捕马理等一百三十四人入锦衣卫狱，令何孟春等二百二十人在家待罪，四品以上官罚夺俸，五品以下官罚杖，翰林王相等一百八十余人受杖，死十九人。这就是著名的议大礼事件。
上列两大事件以外，又有所谓三大案。
梃击案——朱翊钧生子常洛，又生子常洵（宠妾郑贵妃所生，封福王）。朝臣请立常洛为皇太子，促常洵出京就藩（封地在洛阳）。常洵出京后一年（万历四十三年），忽有人执枣木棍打伤慈庆宫（太子宫）守门人，直入至前殿，被阉官捕获。追究主使人，郑贵妃弟郑国泰似有嫌疑。翊钧杀阉官庞保、刘成二人了事。