自主招生的初衷，一是为了促进中学素质教育，二是为了打破普通高考一统天下的局面。九年来，各高校不断调整自主招生的方案，以期充分发挥此政策的影响力，收到最好的成效。但是与所有新政策出台时一样，自主招生在实施过程中也出现了不少问题，主要总结为以下四点。
第一，高等学校选拔自主权不够。目前，教育部批准的自主招生名额不超过本年录取总数的5%，复旦大学和上海交大在2006年开始达到10%。这个比例相对于统一高考来说还是太小了。加上一些学生不需要自主招生的加分就可上线，或者加20分也不能上线，最后有效利用的不过3成至4成。[11]
第二，招生方式类似“小高考”。自主招生由高校自主命题，分为初试和复试两轮。各校的初试题目虽然更注重综合能力的考查，但是总的来说还是与高考题目类似，等于是在高考前重复了一次高考的功能。同时，各个高校都对于参加自主招生的高中生设置了极为严格的报考条件。高高在上的报考资格以及之后的层层选拔，使得有天赋的“偏才”“怪才”无法进入初试，或者在初试中就被淘汰。自主招生的初衷没有完全体现出来。