乾隆帝闻讯，大怒，下令征讨霍集占。乾隆二十三年正月二十六日，乾隆帝特下谕旨，晓谕回部居民，此次征剿，完全针对霍集占一人，与他人无关。这天，乾隆帝授予雅尔哈善为靖逆将军，哈宁阿为参赞大臣，顺德纳、爱隆阿为领队大臣，领兵5000征讨，包围了库车城。
大小和卓立即召集重兵，固守负隅，清兵与回兵激战。攻城与反攻城，双方展开拉锯战，互有伤亡。雅尔哈善大军紧紧包围了库车城，从六月到七月，前后达一月之久。眼看霍集占弹尽粮绝，即将大功告成之际，清军统帅雅尔哈善与顺德纳轻敌怠惰，终日下棋饮酒，导致两和卓乘隙逃遁，征剿霍集占失败。
乾隆帝极为恼怒，将雅尔哈善、哈宁阿、顺德纳、马德胜等将帅全部处死。乾隆帝此举并不理智，雅尔哈善作为一个文人，确实难当此重任，乾隆帝任用非人，理应承担责任。
接下来，乾隆帝又犯了一个错误，他急切地饬令大将军兆惠前往平叛。乾隆二十三年八月，兆惠不敢怠慢，领兵前往。可是，兆惠正在伊犁善后，突接圣旨，并无足够的军力，只带兵800前往。